Lagedi Koolis on õppeaasta jaotatud trimestriteks. Järgmise õppeaasta trimestri ajad kinnitatakse viimases õppeaasta viimases õppenõukogus. I trimester – 12 õppenädalat, II trimester – 11 õppenädalat, III trimester – 12 õppenädalat. Poolaasta kestab 87 ja 88 õppepäeva.
Lagedi Koolis õpetatakse kõiki õppeaineid kogu õppeaasta vältel. Õpilastele toimub iseõppepäev kolmel korral õppeaastas. Õppekava toetavate tegevustena pakutakse õpilastele mitmekesiseid võimalusi huviringides osalemiseks ning 1. ja 2. klassis pikapäevarühmas osalemist.
Õppimise planeerimise aluseks on kooli üldtööplaan ja valdkondlikud ainekavad (vt Ainevaldkondade kava), mis toetuvad riiklikus õppekavas sätestatud õppetulemustele ning üldpädevustele. Ainetunni pikkuseks on 45 minutit ning aineõpetaja ettepanekul ja võimalusel rakendatakse paaristunde.
1.-4. klassis on õpe korraldatud selliselt, et valdavalt annab tunde klassiõpetaja. Kõiki õppeaineid õpitakse kogu õppeaasta vältel. Õpetaja autonoomsust arvestava koolina on klassiõpetajal võimalik soovi korral rakendada üldõppe meetodit. Üldõpetust rakendades koostab klassiõpetaja kooli tunnijaotusplaanist lähtuva ja kooli ainekavadele tuginedes üldõpetuse tööplaani. 5.-9. klassis on aineõpetuse süsteem, kus klassil on klassijuhataja ning soodustatakse lennu klasside omavahelist koostööd ja lennupõhist klassijuhatamist.
Aineõpetuses (va B-võõrkeel) võib moodustada vastavalt võimalusele ja vajadusele lennuülesed õpperühmad. Õpilased jaotatakse rühmadesse ning õpilaste rühmades liikumine toimub aineõpetajate ettepaneku alusel õppetulemustest ja rühmadünaamikast lähtuvalt. Vajadusel toimuvad vestlused õpilase ja lapsevanemaga.